生物有機肥實際上是在有機肥料的成品基礎上接種微生物復合菌劑而制成。
不同的是在有機肥料冷卻篩分后端增加一臺溶菌槽，一臺撲菌包膜機即可完成生物有機肥的生產全過程。

其生產工藝及設備：原料發酵制備、原料預處理、造粒、干燥、冷卻篩分、撲菌包膜、包裝、尾氣凈化處理等流程，與有機肥料生產工藝和設備幾乎沒有區別。